Owoce drzew ziarnkowych zbiera się wówczas, gdy nasiona uzyskują zabarwienie brązowe. Zebrane owoce należy rozdrobnić, a następnie przepłukać strumieniem wody.
Dobrze wykształcone nasiona są cięższe opadają na dno beczki lub koryta, a rozdrobniony miąższ owoców spływa na zewnątrz.
Zastosowanie sit o odpowiedniej gęstości oczek ułatwia oddzielenie nasion od rozdrobnionego miąższu owoców.
Owoce drzew pestkowych powinny być zbierane w okresie zarumienienia, przed osiągnięciem pełnej dojrzałości. Zebrane owoce zsypuje się w miejscach zacienionych w warstwy o grubości około 10 cm. Po kilku dniach tak usypane owoce miękną. Nie można w tym czasie dopuścić do ich gnicia lub fermentacji. Oddzielanie nasion od miąższu powinno być przeprowadzone bardzo umiejętnie i szybko. Robi się to przez miażdżenie lub rozdrabnianie owoców, a następnie spłukiwanie wodą na sitach. Długie przetrzymywanie nasion w wodzie i złe oczyszczenie ich z miąższu odbija się bardzo ujemnie na wartości użytkowej nasion. Dokładnie oczyszczone nasiona drzew pestkowych i ziarnkowych powinny być szybko dosuszone do określonego normą poziomu wilgotności (14-18%). Najlepiej jest suszyć je w miejscu zacienionym i przewiewnym, w temperaturze 30-35°C. Nasiona przeznaczone do obrotu powinny mieć zdrowy wygląd oraz barwę, połysk i zapach charakterystyczne dla właściwego gatunku.
Nasiona zdrowe mają łupinę błyszczącą i gładką, a zarodek biały o świeżym zapachu.
Szczególna uwaga powinna być zwrócona na najważniejsze cechy nasion jak: żywotność, czystość, wilgotność i ciężar 1000 sztuk. Wartość nasion określana jest najczęściej siłą i energią kiełkowania. Nasiona drzew owocowych do skiełkowania wymagają dłuższego okresu dojrzewania posprzętnego (od 80 do 150 dni). Bez kiełkujących nasion trudno jest przeprowadzić taką ocenę ich wartości. Wykonuje się natomiast ocenę żywotności określającą stan zdrowotny nasion warunkujący ich kiełkowanie i dalszy rozwój. Żywotność nasion wyrażona jest procentową ilością nasion żywych w stosunku do ilości nasion badanych. Po zewnętrznym wyglądzie można rozróżnić nasiona martwe, nie zdolne do kiełkowania. W laboratoriach żywotność nasion określa się najczęściej dwoma metodami: barwnikową i Tukey’a. Ilość nasion otrzymywana ze 100 kg owoców poszczególnych gatunków drzew matecznych jest zależna od ich ciężaru i wielkości owoców, a także ich liczby w pojedynczych owocach.